En agosto de 1648 Miguel Mañara se casó con doña Jerónima María Antonia Carrillo de Mendoza y Castrillo, Señora del Mayorazgo de Montejaque y Benaoján. Construyeron el Palacete de Mañara como su residencia donde pasar las temporada estivales. A la muerte de su esposa, sin descendencia, el diez y siete de septiembre de 1661, a la edad de 33 años y enterrada en la Iglesia de Santiago frente al hotel actual, Miguel entró en un periodo de profunda reflexión personal, incluso se planteón ingresar en la vida religiosa. Se retiró a una ermita Carmelita en un valle oculto de la Serranía de Ronda a dos leguas de Montejaque. Este edificio fue convertido en hotel en 1997 y mantiene la fachada y la planta original; el escudo de armas de la familia se ha colocado en la parte superior de la entrada principal.

Don Miguel dedicó el resto de su vida a la caridad, quizás arrepentido de su vida adúltera y desenfadada. Murió el nueve de mayo de 1679. Se le atribuye ser la inspiración de Zorrilla para su Don Juan Tenorio. En el mito y leyenda que creó nos cuentan: «Con motivo de salir Mañara de una casa donde tenía correspondencia, a deshonra de la noche, encontró el dicho venerable a uno de los que iban con él quién era el difunto y le respondió que don Miguel Mañara; de lo que resultó darle un accidente tal que recuperado se fue a su casa y entabló una vida ejemplar»

En su testamento dispone que en su sepultura se inscriba la leyenda: «Aquí yacen los huesos del peor hombre que ha habido en el mundo. Rueguen a Dios por él».